IOM dodržiava zásadu diskrétnosti. O rozhodnutí, ktoré migrant urobí nie sú informované ďalšie osoby, ktoré by mu prípadne mohli brániť v odchode alebo ho psychicky, či fyzicky obmedzovať.

Rozhodnutie a aj celý proces dobrovoľného návratu je otázkou konzultácií medzi dotyčným žiadateľom a IOM, či sociálnym pracovníkom zariadenia MV SR. Z tohto dôvodu sa dporúča, aby svedkom podpisu registračného formulára bola nestranná osoba (prekladateľ, sociálny pracovník) a nie člen rodiny.

Nešírením informácie o plánovanom odchode do krajiny pôvodu sa dá predísť neželanému ohrozovaniu, zastrašovaniu a nátlaku na migranta. Individuálne prípady sú prejednávané zvlášť a pristupuje sa k nim citlivo v súlade s medzinárodnými dohovormi (napr. o ochrane práv dieťaťa, o odstránení všetkých foriem násilia a pod.).

IOM zaručuje diskrétnosť, anonymitu a utajenie osobných údajov žiadateľov.